NCBI 也就是美国国家生物技术信息中心，它整合了大量生物医学相关数据库，可以通过 Entrez 检索系统统一检索，涵盖文献、核酸序列、蛋白序列、基因、基因组、SNP、蛋白质结构等多类生物信息资源，是生信、分子生物学最常用的数据库平台，Entrez 是它的统一检索入口，支持跨库检索，也可以单独选定某一个数据库精准查询。
核心可检索数据库对照表
| 数据库名称 | 英文全称 | 主要内容 |
|---|---|---|
| PubMed | PubMed | 生物医学文献摘要库，期刊论文摘要、题录 |
| GenBank | GenBank | 核酸序列数据库，DNA、RNA 序列 |
| Protein | Protein | 蛋白质序列数据库 |
| Gene | Gene | 基因数据库，基因注释、基因基本信息 |
| RefSeq | Reference Sequence | 参考标准序列，人工校正的基因 / 转录本 / 蛋白参考序列 |
| Genome | Genome | 基因组数据库，物种完整基因组信息 |
| SNP | Single Nucleotide Polymorphism | 单核苷酸多态性数据库 |
| Structure | Molecular Modeling Database（MMDB） | 生物大分子三维结构数据库 |
| Taxonomy | Taxonomy | 生物分类数据库，物种分类信息 |
| dbSNP | dbSNP | 单核苷酸多态性变异数据库 |
| dbGaP | Database of Genotypes and Phenotypes | 基因型与表型关联数据库 |
| GEO | Gene Expression Omnibus | 基因表达芯片、测序表达谱公共数据库 |
| PubMed Central | PMC | PubMed Central，开放获取全文文献库 |
深度解析
- PubMed 和 PMC
- GenBank 与 RefSeq
- GEO
- Taxonomy 分类库
PubMed 只收录文献题录和摘要，PMC 是对应的全文开放获取库，很多文献可以在 PMC 找到免费全文，这两个是做文献检索最常用。
GenBank 是全球提交的原始核酸序列，来源多样；RefSeq 是 NCBI 人工审核校正后的标准参考序列，做引物设计、基因分析一般优先选用 RefSeq。
专门存放高通量基因表达数据，芯片、RNA-seq 原始数据，用于差异表达分析挖掘，是转录组研究经典数据库。
用于查询物种分类阶元，界门纲目科属种，在序列比对、物种鉴定的时候经常搭配使用。
考试常考重点：Entrez 系统支持跨库检索，NCBI 最常考的几个就是 PubMed、GenBank、RefSeq、GEO、SNP、Gene、Taxonomy。
使用 ncbi 可以检索的数据库包括的学习步骤
第一步 打开 NCBI 主页，下拉框就是数据库选择列表
第二步 区分文献类、序列类、表达谱、变异库这四大类
第三步 理解 GenBank 和 RefSeq 的差别，这个是高频考点
第四步 掌握 Entrez 跨库检索功能
综合来说，ncbi 可以检索的数据库包括文献库 PubMed/PMC、核酸 GenBank、参考序列 RefSeq、蛋白库、基因库 Gene、基因组库、SNP 变异库、GEO 表达谱库、物种分类 Taxonomy 等多个生物信息数据库。
【常见问题】
问题 1 ncbi 可以检索的数据库包括 GenBank 和 RefSeq 区别是什么
回答 1 ncbi 可以检索的数据库包括里面，GenBank 是原始提交核酸序列，RefSeq 是 NCBI 人工校正标准参考序列，都属于 NCBI 可检索核酸类数据库。
问题 2 ncbi 可以检索的数据库包括 GEO 是做什么的
回答 1 ncbi 可以检索的数据库包括里面，GEO 也就是 Gene Expression Omnibus，是基因表达芯片和转录组测序公共表达数据库。
问题 3 ncbi 可以检索的数据库包括 PubMed 可以查全文吗
回答 1 ncbi 可以检索的数据库包括里面，PubMed 主要是文献摘要题录，全文需要去 PMC 也就是 PubMed Central 这个 NCBI 另外一个数据库检索。
【免责申明】
NCBI 数据库会持续更新合并调整，部分旧库会下线整合，内容为生信课程科普，以 NCBI 官网最新列表为准。
